如何专利法细则和审查指南内容有冲突，以什么为准？

应该以法和细则为主，《审查指南》的名字已经决定了它的法律地位，或者说根本没有什么法律地位，从发出的各种审查意见可以看出，审查员无论说什么问题，都必须以具体的法条来说服申请人，因此一定要以法和细则为准。
审查指南是国务院专利行政部门的内部规章制度，是为审查员编写的，其中的解释是根据法律来规定和细化的，所以没有专利法和细则何来审查指南，只要搞清楚了因果关系或者说先后关系就很容易理解这个问题了。

在具体的操作上如果按照审查指南来准备申请文件或者答复意见等，这样会对专利的审批有利（当然在不涉及实体权利的时候）。

楼上的，指南怎么会没地位。
立法法71-78条、细则121条，指南很明显属于具有明确授权的部门规章，在专利事务里当然具有效力。

另外，假如真的发生冲突，立法法88条、行政诉讼法53条也规定了必要的解决程序。绝对不是可以自己说冲突就否认部门规章的法律效力的。