民法通则第一百三十五条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。商标法对保护注册商标专用权的诉讼时效未作特别规定，因此，侵犯注册商标专用权的诉讼时效应当适用民法通则前述规定的二年的诉讼时效期间。这一般没有争议。但对二年的诉讼时效规定如何适用，特别是对持续侵权行为诉讼时效期间的适用，多年来一直存在争议。
一种观点认为，已知或者应知侵权行为超过两年不起诉的，不再受法院保护，对此种侵权行为的行为人不能再追究停止侵权、赔偿等民事责任。另一种观点认为，在商标等知识产权有效期间内，权利人已知或者应知的侵权行为超过两年权利人再提起诉讼的，包括侵权行为一直持续进行的和超过两年中断后又实施侵权行为的情形，只要权利人提起诉讼时，所指控的侵权行为正在进行或者不超过两年，受诉法院就应当保护。侵权行为正在实施的，应当判令停止侵权；自起诉时起向前推算两年的权利人损失应当赔偿；超过两年的损失不再受保护。
最高人民法院在专利法、著作权法的司法解释中都采纳了第二种观点，商标法的《若干解释》也采纳了此种观点。该司法解释的第十八条规定，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为二年，自商标注册人或者利害权利人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。商标注册人或者利害关系人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。最高人民法院之所以采纳第二种观点，首先是充分考虑了知识产权作为知识财产不同于一般财产的特点，它保护客体的无形性、权利的依法授予或登记性和时间性等，在商标权等知识产权法律规定的有效期间内，都应当受到保护。而其他财产并没有法定的时间性、无须经过国家授权或者登记，权利与物质载体相统一。在适用民法的诉讼时效时不能不顾及知识产权的特点。其次是考虑如果按照第一种观点，会出现许多不合逻辑甚至荒谬结果，当未经许可使用了某项注册商标后，过了两年侵权人也成为了商标权人；真正的注册商标权人不但丧失了两年的商标使用费，还要丧失整个商标权。如同未经许可白住他人所有的房屋超过两年，房主不但丧失了两年的房租，整个房产也要归侵权人一样荒谬。这样只能导致鼓励侵权、对知识产权人极不公平。再次是考虑坚持民法通则关于诉讼时效的基本规定，对那些放任他人侵权行为，对自己知识产权疏于管理的，超过二年诉讼时效期间，该项知识产权的收益不再保护。坚持上述原则，既能督促知识产权权利人及时行使自己的权利，又不失公平，加强了对知识产权的保护。 |
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