审查意见未以提实审时的权利要求书为依据

有个案子，要求过在先申请的优先权，刚接到第一次审查意见，发现审查员的依据是在后申请的申请日提交的权利要求书，但是我们提实审时，同时提交了主动修改后的权利要求书，该权利要求书已经解决了本次审查意见的大部分问题，尤其是权利要求1的新颖性问题。不知为什么审查员没有看到？如何处理这件事？我想了几种处理方法，请大家参谋一下是否可行？
1、用意见陈述书直接告知审查员，提实审日同时已提交了主动修改过的权利要求书，请依据此文本重新出具第一次审查意见。
2、用意见陈述书首先告知审查员，提实审日同时已提交了主动修改过的权利要求书，并给出当时的文本，然后根据本次审查意见的对比文件论述主动修改过的权利要求书的新颖性和创造性，同时根据本次审查意见对一些形式问题进行修改，并提供新的修改后的权利要求书替换页。
3、打电话给审查员，告知提实审日同时已提交了主动修改过的权利要求书，请检查一下文件，然后由审查员决定是重发审查意见还是我们直接提交修改后的文本？

方法1，我担心过于直接地揭穿审查员的工作失误，导致审查员恼羞成怒，重新出具第一次审查意见变的十分难以回答，为以后授权增加难度。
方法2，我个人觉得审查员易于接受，但是有浪费一次主动修改的机会之嫌。
方法3，打电话给审查员，由于无法预料审查员的反应，因此还无法推测结果。

请有经验的各位老师，尤其是遇到过类似问题的前辈和同仁，指教一下如何操作最有利？

最近一段时间专利局在进行无纸化办公改革，这种情况时有发生。
首先，需要认真检查一下现有的文件，确认提实审同时提交的主动修改文本是否已经被专利局接受（首先要确认不是自己的责任，呵呵）。电子提交后曾出现过代理机构以为某文件已经电子提交，但实际上专利局并未收到的情况。
然后，在有证据表明专利局确认已经收到该主动修改文本后，可以致电审查员说明情况，讨论一下审查员没有收到或没有采纳该文本的原因是什么。实践中也出现过主动修改文本专利局确认已经收到，但审查员手里没有的情况（比如流程部门在无纸化处理是漏掉了）。
然后，根据具体情况和审查员商量一个大家都能接受的应对方案，审查员通常知道怎么解决最合适。大家都是工作，您这样替审查员着想，审查员也会替您着想的，和谐嘛……嗬嗬！
祝您好运！

我查了一下，当时是窗口递交的，有窗口递交文件回执一份，记载实质审查请求书一份1页，权利要求书替换页一份2页，不过这个回执专利局只是打了个当日的日期戳20100806，也没盖个公章啥的。

我碰到过这种情况。先和审查员打电话沟通了。然后根据约定将原一通退回，审查员重新发了一个一通。

但是！！！这个审查员无比恶心。原来的一通进行了检索并提出了创造性问题，重新发的一通居然～～～居然将全部权利要求认定为是非技术问题！！！此‘案就此基本上死了。

好伤心啊。还不如就当不知道答复了原来的，说不定克服了创造性就此授权了。

啊呀，看来真不好说哪一种处理方法好呢。

直接打电话跟审查沟通吧，别自己难为自己了，商量着来，答OA不也这样嘛，嘿嘿