关于专利权变更问题

我公司与某一合作企业协商共同拥有一项专利。现在我公司已申请该项专利，并获得专利证书。请问变更手续除了变更协议和代理委托书交由代理公司办理外，我们两公司签订协商协议时该注意哪些问题啊？谢谢！