药品商标纠纷案请教、讨论

主要情况：
由于我们单位是研究机构没有药品生产资格，

1、在1999年与一家药厂合作生产、销售一个商品名为“XY”的药品A，所有的生产由药厂完成，我们单位向生产厂家支付生产费用及技术支持；

2、2002年该药厂把商品名“XY”注册了商标，并拿到了注册证，同时作为药品A的商标开始使用；

3、2004年药厂把注册商标“XY”转让给我单位（没有签署转让合同，但是确实双方委托商标代理所办理了商标转让手续，并在商标局有备案），但是仍然在药品A上作为商标使用（我们单位没有授权他们使用），并一直延续至2006年年底；

4、2007年又开始作为药品A的商品名使用，并在药品标签上仍然作为商标（右上角带有R的标记），并一直延续至今；

5、2009年9月22日该药厂已经单方面与我方终止了合作关系。

6、从2004年受让到该商标后我们一直没有把该商标使用于药品A以外的商品，但是我们针对该药品A的商标在各级各界医学讨论会都做了大量的宣传，并在大量医学权威论文中涉及。

7、我们在与该药厂合作期间针对药品A，共同起草、制定了国家标准。并且针对药品A由我们单位申请了两项质量方面的专利，我们单位对这两件质量专利享有专有权。

就以上情况，我们可以怎样维护我们的商标权利？
1、对于2004年——2006年年底这期间药厂使用我单位商标，目前我们是否可以要求他们支付使用费（或侵权费）？

2、2007年——至今这期间，用我们商标作为商品名，鉴于1999年——2002年（商标注册前）作为商品名使用过，该商品名在2007年至今是否对我们的商标构成侵权？

3、在今后我们是否可以从法律角度要求该药厂停止使用该商品名？

感谢各位的参与

你好，提问的这位朋友，你遇到的是商标转让程序出现的问题和商标和药品名注册过程中出现的问题。
    1、你提到的 “一个商品名为“XY”的药品A”，这里的XY和A具体所指尚待明确，但既然与你单位合作的公司可以把它作为商标来注册且核准，即说明它是具有显著性的，其在当时的使用也是合理合法的。
    2、你所提的  2004年药厂把注册商标“XY”转让给我单位（没有签署转让合同，但是确实双方委托商标代理所办理了商标转让手续，并在商标局有备案），这个过程有待详细查证。法律意义上的商标转让是经过转让方和受让方共同签订《商标转让协议》并经国家商标局备案的行为，此2项缺一不可。否则法律不予支持。如果没有签署转让合同，商标局是不能有备案的。所以你有必要找到国家商标局下发的《核准商标转让通知书》，受让方持该通知书连同商标注册证一起使用方为有效。否则认为该转让行为无效。
    3、如果确认该商标属贵单位所有，那么可以要求对方支付一定的商标使用费。
    4、你提到的 “2007年又开始作为药品A的商品名使用，并在药品标签上仍然作为商标（右上角带有R的标记）”，实际上对方是在未经你单位授权的情况下继续使用该商标，合并商标侵权处理。
    5、不管对方是否与你们终止合作关系，只要是从确定该注册商标专用权属于你单位之日起，对方未经授权还使用该商标就是侵权行为，你单位可以主张侵权赔偿。
    具体如有不明之处可来电或邮件咨询。

商标转让手续已经完成，受让人依法享有该商标的专用权，其他人使用属于侵权，无疑该药厂在将商标转让给你单位后，在没有得到授权使用的情况下继续使用该商标是侵权贵单位商标专用权的。

鉴于贵单位与该药厂之间的关系，建议可以协商许可该药厂使用该商标，对于商标转让完成之后到目前该药厂的侵权行为，贵单位可以协商让药厂给于一次性的经济补偿。

考虑到该药厂是在与我单位合作的基础上，继续使用该商标的，虽然没有签署书面的使用协议，但是是否可以理解为我们单位与该药厂有口头约定？